员工罚款的方式和依据主要涉及以下几个方面：
企业规章制度
企业可以通过制定明确的规章制度来规定员工的行为准则和相应的处罚措施。例如，广东肇庆一工厂对不服从加班安排的员工罚款50元，这是依据企业的具体规定来执行的。
劳动合同约定
在签订劳动合同时，企业可以与员工约定，当员工违反企业规章制度给企业造成损失时，企业可以扣除员工一定的工资作为赔偿。但扣除后的工资数额不得低于当地最低工资标准。
绩效考核
企业可以通过绩效考核来实现对员工的处罚。例如，设置员工的工资结构为“固定工资+浮动工资”，对员工负面行为的评价与处理通过浮动工资发放的多少来体现。但企业在设计绩效考核制度时要确保考核标准明确、合理并且提前告知员工，避免随意性。
劳动法规
企业罚款员工需遵循劳动法规，罚款金额应在员工月薪的20%以内，且应公正、公平、透明。对于员工轻微违法或未造成经济损失的行为，可采取教育训诫。
经济损失赔偿
如果员工因本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，并从工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。