申请三证合一的流程如下：
准备材料
携带企业三证合一登记补充信息表。
提交工商设立登记申请材料。
提交质监设立登记申请材料，如分支机构办理设立登记时，还需提供总机构的代码证书复印件。
填写《三证合一登记（备案）申请书》，只填写三证合一相关内容，其他部分空着。
填写《指定代表或者共同委托代理人授权委托书》及指定代表或委托代理人的身份证件复印件，经办人需带身份证原件。
提供全体股东签署的公司章程及股东主体资格证明或自然人身份证件复印件。
提交申请
将准备好的材料一并提交至当地的工商行政管理部门柜台申请办理。
审核与发证
工商部门会对申请材料进行审核，符合条件的予以通过，并颁发加载了统一社会信用代码的营业执照。
后续手续
凭统一社会信用代码证书到银行开立基本户。
凭统一社会信用代码证书到税务局办理税务登记。
变更相关系统
通知开票系统的服务公司，上门变更开票系统中的公司税号，一般纳税人还需变更发票认证系统的税号。
建议：
提前准备好所有所需材料，确保材料的真实性和完整性。
选择合适的办理时间，避免在工商部门下班前匆忙提交申请。
如委托他人代办，确保填写正确的授权委托书，并携带所有相关人员的身份证件。